天然痘てんねんとう(痘瘡とうそう)は、伝染力が強いだけでなく罹患りかんした場合の死亡率も高い伝染病で、日本では｢疱瘡ほうそう｣の名で恐れられていた病気でした。天然痘が流行すると多くの人々が死に、運良く助かった場合でも顔や体に痘痕あばたが残りました。適切な予防法や治療法の知られていなかった江戸時代前期までの日本では、疱瘡を疫神として祀るなどの呪術的な方法に頼るしかなかったのです。

　天然痘の予防法としては、比較的古くから天然痘にかかった患者の｢かさぶた｣を粉末にして鼻から吸引させ、人為的に天然痘ウィルスに感染させることによって免疫を作り出す｢人痘種痘法｣という方法がありました。日本には中国からこの方法が伝えられ、安永７年(1778)頃から盛んに用いられましたが、人痘種痘法はその効果にばらつきがあり、あまり確実なものではありませんでした。
　ヨーロッパでは、1798(寛政10)年イギリスの外科医ジェンナー(Edward Jenner)が牛痘種痘法を開発しました。これは、牛のかかる痘瘡(牛痘)に感染した者が、天然痘に対して免疫を持つことに気づいたことから開発された方法で、牛痘に感染した牛から取り出したウィルス(痘苗とうびょう)を人間に接種することで、免疫を作り出すものです。この方法は極めて効果が高く、また人痘種痘法に比べて危険性も低かったため、世界的に広がっていきました。日本には、ロシア経由で文政７年(1824)頃にもたらされたことがありましたが普及せず、嘉永２年(1849)、佐賀藩主鍋島直正がオランダから輸入させた痘苗を用いて、藩医楢林ならばやし宋建そうけんが藩内へと広めていったことから、本格的な導入が図られ始めました。
　その後、種痘は緒方おがた洪庵こうあんや伊東いとう玄朴げんぼくらによって積極的に実施されていきます。蘭学に造詣の深かった江川英龍はこうした動きにいち早く反応し、嘉永３年正月には、伊東玄朴に依頼して息子英敏と娘卓子に種痘を受けさせています。英龍はさらに、配下の医師肥田春安らに命じて試験的な種痘を行わせ、その結果が良好であることを確認した上で、同年２月管轄する韮山代官領全域に｢西洋種痘法の告諭｣を発しました。その文中で英龍は、自らのこどもたちにも種痘を行って成功したことを明らかにした上で、種痘を受けるよう諭しています。この告諭を受けて、肥田春安は助手とともに廻村して種痘の実施にあたりました。この事業は継続して行われ、その結果韮山代官領内における天然痘被害は激減したといわれています。この成功は、幕府の認めるところともなり、安政５年(1858)伊東玄朴や大槻おおつき俊斎しゅんさいらが中心となって江戸お玉ヶ池に種痘所が設置され、江戸町民にも種痘をうけるよう勧告がなされるにいたりました。
　なおこの種痘所は、文久元年(1861)には西洋医学所となり、さらに幕府直轄の医学所として明治維新まで活動を続けます。維新後は新政府に引き継がれ、後の東京大学医学部の前身となりました。